循環水系統長時間運行，在設備表面會附著一些污垢，這些污垢不僅影響設備的換熱效率，增加能耗，還會對設備造成垢下腐蝕，因此對循環水系統的清洗，是關系到循環冷卻水水處理的效果的一個重要環節。常用的清洗劑可以分為無機酸和有機酸兩類，其中有機酸腐蝕性較小，有的有機酸有螯合能力，可以用在設備不停車清洗上，但是其與無機酸相比，成本較高，需要在較高溫度下操作，清洗時間耗費較長。
常用的水垢清洗劑之有機酸有以下幾種：
1、氨基磺酸，又稱固體硫酸，其水溶液酸性與鹽酸、硫酸相似，具有不揮發、無臭味，對人體毒性極小。氨基磺酸的堿土金屬鹽有很好的溶解性，與鈣鎂垢反應劇烈。通常工業上使用7%-10%濃度的氨基磺酸水溶液，在60℃以下除垢，可將90%的鈣鎂垢去除。但是氨基磺酸水溶液對鐵銹作用較慢，需配合非離子表面活性劑提高滲透速率，也可以添加一些氯化物，使之緩慢產生鹽酸，從而有效溶解鐵銹。
2、檸檬酸，檸檬酸是清洗過程中使用最多的有機酸，
3、乙酸，俗稱醋酸，其對金屬腐蝕性低，對人體毒害作用小，它的鹽易溶于水，滲透力強，所以適合清洗水垢和鐵銹等腐蝕產物，黃銅和晶間腐蝕敏感的材料適合用乙酸清洗。
4、羥基乙酸，其在水中溶解性比乙酸更好，酸性比乙酸強，對銹垢的溶解能力比乙酸大，但其對鋼鐵的腐蝕性要比鹽酸、硫酸小得多，因此羥基乙酸主要用于清除四氧化三鐵等氧化皮。
